Το Εργαστήριο Εφαρμοσμένης Φιλοσοφίας του ΕΚΠΑ υποστηρίζει ενεργά τη μεταπτυχιακή εκπαίδευση τόσο σε εθνικό όσο και σε διεθνές επίπεδο. Στην Ελλάδα υποστηρίζει το Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών Ζώα: Ηθική, Δίκαιο, Ευζωία, το οποίο συνδιοργανώνεται από το Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών και το Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ. Υποστηρίζει, επίσης, δύο διεθνή προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών: το MSc Leadership: Ethics and Politics, το οποίο προσφέρεται από κοινού από το Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών και το Πανεπιστήμιο της Sulaymaniyah στο Ιράκ, και το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Βιοηθική – Ηθική της Φροντίδας Υγείας», το οποίο οργανώνεται από το Ανοικτό Πανεπιστήμιο Κύπρου.
Παράλληλα με τη συμβολή του στη μεταπτυχιακή εκπαίδευση, το Εργαστήριο έχει αναπτύξει ένα ολοκληρωμένο πρόγραμμα εκπαιδευτικών δράσεων για τη δευτεροβάθμια εκπαίδευση. Στο πλαίσιο αυτής της πρωτοβουλίας, προσφέρει ειδικά σχεδιασμένους κύκλους μαθημάτων σε μαθητές και μαθήτριες Γυμνασίου και Λυκείου, εισάγοντάς τους στην ηθική, τη βιοηθική, την περιβαλλοντική ηθική και, ευρύτερα, στη φιλοσοφία. Με τον τρόπο αυτό, το Εργαστήριο επιδιώκει να καλλιεργήσει τον φιλοσοφικό προβληματισμό, την ηθική ευαισθητοποίηση και την κριτική σκέψη ήδη από τα πρώτα στάδια της εκπαίδευσης.