Η έρευνα βρίσκεται στον πυρήνα της αποστολής του Εργαστηρίου Εφαρμοσμένης Φιλοσοφίας. Μέχρι σήμερα, το Εργαστήριο έχει συμμετάσχει επιτυχώς σε σειρά εθνικών και διεθνών ερευνητικών προγραμμάτων, συνεισφέροντας την τεχνογνωσία του σε διεπιστημονικά έργα που πραγματεύονται σημαντικές φιλοσοφικές, ηθικές, τεχνολογικές και κοινωνικές προκλήσεις.
Παράλληλα, στο πλαίσιο του Εργαστηρίου δραστηριοποιούνται διάφορες ερευνητικές ομάδες, οι οποίες φέρνουν σε συνεργασία επιστήμονες που βρίσκονται σε διαφορετικά στάδια της ακαδημαϊκής τους σταδιοδρομίας. Μέσω της συστηματικής συνεργασίας τους, οι ομάδες αυτές παράγουν ερευνητικό έργο υψηλής ποιότητας, το οποίο περιλαμβάνει επιστημονικές δημοσιεύσεις, συνέδρια, εργαστήρια, εκπαιδευτικό υλικό και καινοτόμες ερευνητικές πρωτοβουλίες. Ενθαρρύνοντας την ανταλλαγή ιδεών και υποστηρίζοντας τόσο τους καταξιωμένους όσο και τους νεότερους ερευνητές, το Εργαστήριο εξακολουθεί να προάγει την έρευνα στην εφαρμοσμένη φιλοσοφία και να ενισχύει την παρουσία του στην εθνική και τη διεθνή ερευνητική κοινότητα.