Οι απαρχές του Εργαστηρίου Εφαρμοσμένης Φιλοσοφίας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών ανάγονται στο 1999, όταν ιδρύθηκε ως αυτοτελής ακαδημαϊκή μονάδα του Τμήματος Φιλοσοφίας με την επωνυμία Φιλοσοφικό και Τεχνολογικό Εργαστήριο Εφαρμοσμένης και Οικολογικής Φιλοσοφίας, με ιδρυτή και πρώτο Διευθυντή τον Καθηγητή Κωνσταντίνο Βουδούρη. Το Εργαστήριο δημιουργήθηκε ως φορέας έρευνας, υποστήριξης της διδασκαλίας και επιστημονικού διαλόγου, με σκοπό την προαγωγή της Εφαρμοσμένης Φιλοσοφίας και την ανάπτυξη διεπιστημονικών προσεγγίσεων σε ηθικά, κοινωνικά, πολιτικά, επιστημονικά και τεχνολογικά ζητήματα σύγχρονου ενδιαφέροντος. Ήδη από τα πρώτα χρόνια της λειτουργίας του, συνέδεσε την ακαδημαϊκή έρευνα με την εκπαίδευση και την εξωστρέφεια. Υποστήριξε την προπτυχιακή και μεταπτυχιακή διδασκαλία, διοργάνωσε επιστημονικές συναντήσεις και διαλέξεις και ανέπτυξε συνεργασίες με πανεπιστήμια, ερευνητικά ιδρύματα και ακαδημαϊκούς φορείς στην Ελλάδα και το εξωτερικό. Οι δραστηριότητες αυτές έθεσαν τις βάσεις για ένα σταθερά αναπτυσσόμενο πλαίσιο διεθνούς συνεργασίας και ακαδημαϊκής αριστείας, το οποίο διευρύνθηκε περαιτέρω κατά τις επόμενες δεκαετίες.
Το 2015 ιδρύθηκε στους κόλπους του Εργαστηρίου το Ελληνικό Κλιμάκιο της Έδρας Βιοηθικής της UNESCO (Χάιφα) -σημερινής Διεθνούς Έδρας Βιοηθικής (Κέντρο Συνεργασίας του Παγκόσμιου Ιατρικού Συλλόγου – WMA) - κατόπιν συμφωνίας μεταξύ του τότε επικεφαλής της Έδρας Βιοηθικής της UNESCO (Χάιφα), Καθηγητή Amnon Carmi, και του τότε Πρύτανη του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, Καθηγητή Αθανασίου-Μελετίου Δημόπουλου, ύστερα από πρωτοβουλία του Διευθυντή του Εργαστηρίου, Καθηγητή Ευάγγελου Δ. Πρωτοπαπαδάκη. Η εξέλιξη αυτή αποτέλεσε σημαντικό σταθμό στην πορεία του Εργαστηρίου, ενισχύοντας τη διεθνή παρουσία και την ακαδημαϊκή του αναγνώριση και συμβάλλοντας στην ανάπτυξη διεθνών ερευνητικών συνεργασιών και ακαδημαϊκών δικτύων.
Ένας ακόμη σημαντικός σταθμός στην εξέλιξη του Εργαστηρίου υπήρξε η ίδρυση, το 2016, του επιστημονικού περιοδικού Conatus – Journal of Philosophy. Το Conatus δημιουργήθηκε ως αγγλόφωνο επιστημονικό περιοδικό με σύστημα ομότιμης αξιολόγησης και διαμαντένια ανοικτή πρόσβαση, με σκοπό να αποτελέσει διεθνές βήμα για την παρουσίαση πρωτότυπης φιλοσοφικής έρευνας από ολόκληρο το φάσμα της φιλοσοφίας. Από την ίδρυσή του έχει φιλοξενήσει εργασίες διακεκριμένων ερευνητών από όλο τον κόσμο και έχει αποκτήσει διεθνή παρουσία μέσω της ένταξής του σε σημαντικές βιβλιογραφικές βάσεις και ευρετήρια αναφορών, ενισχύοντας ουσιαστικά τη διεθνή ακαδημαϊκή παρουσία του Εργαστηρίου.
Το 2017, υπό τη διεύθυνση του Καθηγητή Ευάγγελου Δ. Πρωτοπαπαδάκη, το Εργαστήριο έλαβε τη σημερινή του επωνυμία, Εργαστήριο Εφαρμοσμένης Φιλοσοφίας, η οποία αποδίδει πληρέστερα την αποστολή του ως ενός ολοκληρωμένου φορέα φιλοσοφικής έρευνας, διατηρώντας παράλληλα τη μακρόχρονη προσήλωσή του στην εφαρμοσμένη φιλοσοφική έρευνα.
Η εκδοτική δραστηριότητα του Εργαστηρίου διευρύνθηκε περαιτέρω το 2018 με την ίδρυση των Εκδόσεων του Εργαστηρίου Εφαρμοσμένης Φιλοσοφίας (NKUA Applied Philosophy Research Lab Press). Με αντικείμενο την έκδοση επιστημονικών μονογραφιών, συλλογικών τόμων, πρακτικών συνεδρίων, μεταφράσεων και ακαδημαϊκών σειρών, οι Εκδόσεις αποτελούν σημαντικό μέσο διάδοσης της φιλοσοφικής έρευνας. Από κοινού με το Conatus – Journal of Philosophy, εκφράζουν τη σταθερή προσήλωση του Εργαστηρίου στην ακαδημαϊκή αριστεία, την εκδοτική ποιότητα και τις αρχές της ανοικτής πρόσβασης στην επιστημονική γνώση.
Καθώς οι ερευνητικές δραστηριότητες, οι εκπαιδευτικές πρωτοβουλίες και οι διεθνείς συνεργασίες του διευρύνονταν, το Εργαστήριο επέκτεινε σταδιακά το επιστημονικό του πεδίο πέραν των παραδοσιακών ορίων της Εφαρμοσμένης Φιλοσοφίας. Η εξέλιξη αυτή διαμόρφωσε τον σημερινό πολυσχιδή χαρακτήρα του Εργαστηρίου Εφαρμοσμένης Φιλοσοφίας, το οποίο συνδυάζει την ιδιαίτερη έμφαση στην εφαρμοσμένη φιλοσοφική έρευνα με την ανάπτυξη δραστηριοτήτων που καλύπτουν ένα ευρύτερο φάσμα της σύγχρονης φιλοσοφικής έρευνας.
Σήμερα, το Εργαστήριο αποτελεί έναν εξωστρεφή και διεθνώς προσανατολισμένο φορέα έρευνας, εκδοτικής δραστηριότητας και ακαδημαϊκής συνεργασίας. Μέσω των ερευνητικών του προγραμμάτων, των συνεδρίων, των επιστημονικών εκδόσεων, των εκπαιδευτικών πρωτοβουλιών και των συνεργασιών του με ιδρύματα και φορείς σε ολόκληρο τον κόσμο, προάγει τη φιλοσοφική έρευνα ως ουσιώδες μέσο προσέγγισης των ηθικών, πολιτικών, επιστημονικών, τεχνολογικών, περιβαλλοντικών και πολιτισμικών προκλήσεων του 21ου αιώνα. Έχοντας συμπληρώσει περισσότερο από ένα τέταρτο του αιώνα αδιάλειπτης δραστηριότητας, το Εργαστήριο παραμένει προσηλωμένο στην προαγωγή της φιλοσοφικής έρευνας, την καλλιέργεια της διεθνούς συνεργασίας και την ουσιαστική συμβολή τόσο στην ακαδημαϊκή κοινότητα όσο και στην ευρύτερη κοινωνία.